Cụ thể, vào lúc 16h25 giờ chiều ngày 13/9/2016, tại hạ lưu khu vực hầm dẫn dòng, nhà thầu Tổng Công ty Xây dựng Thủy lợi 4 cùng Ban Quản lý dự án Thủy điện Sông Bung 2 và các đơn vị tư vấn đang tổ chức đắp đê quai hạ lưu và bơm thoát nước để đổ bê tông nút hầm dẫn dòng thì phát hiện tình trạng nước chảy vào hầm dẫn dòng với lưu lượng khá lớn và chảy về phía hạ lưu gây ngập. Sự cố xảy ra làm thiệt hại một số thiết bị thi công và mất tích 02 công nhân vận hành máy đào của nhà thầu Tổng Công ty Xây dựng Thủy lợi 4.

Qua thực tế kiểm tra tại hiện trường cho thấy do cửa van số 2 của hầm dẫn dòng bị nước lũ cuốn trôi về hạ lưu, dẫn đến việc nước lũ chảy vào hầm dẫn dòng với lưu lương khá lớn và chảy về phía hạ du gây ngập. Hiện trạng công trình, hồ chứa ngày 14/9: lòng hồ đã được tháo cạn nước thông qua hầm dẫn dòng về hạ lưu (lưu lượng tự nhiên về được chảy qua hầm về hạ lưu). Tất cả các hạng mục công trình chính hoạt động bình thường, đảm bảo an toàn.

Ngay sau khi xảy ra sự cố, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc đã có Công điện số 1633/CĐ-TTg và Phó thủ tướng Chính phủ Trịnh Đình Dũng đã có Công điện số 1634/CĐ-TTg chỉ đạo khắc phục sự cố công trình. Tổng Giám đốc Tập đoàn Điện lực Việt Nam đã có mặt tại công trường chỉ đạo Tổng Công ty phát điện 2, phối hợp với các bên liên quan, cơ quan chức năng và chính quyền địa phương kiểm tra đánh giá thiệt hại, để có biện pháp xử lý kịp thời (nếu có); đặc biệt phải khẩn trương tìm kiếm được 02 công nhân mất tích trong thời gian sớm nhất.

Bộ trưởng Bộ Công Thương Trần Tuấn Anh đã chỉ đạo đồng chí Thứ trưởng Cao Quốc Hưng, Thường trực Ban Chỉ huy phòng chống thiên tai và tìm kiếm cứu nạn của Bộ Công Thương có mặt tại công trường để chỉ đạo, chủ trì họp vào lúc 12h00 ngày 14/9/2016 với sự tham gia của Tổng giám đốc Tập đoàn Điện lực Việt Nam, lãnh đạo Genco 2, đại diện các đơn vị cứu nạn cứu hộ của địa phương và các đơn vị tư vấn, nhà thầu thi công trên công trường và phóng viên các cơ quan thông tấn báo chí. Qua thông tin của đại diện Ban Chỉ huy Quân sự tỉnh và Công an huyện Nam Giang trong cuộc họp thì địa phương đã liên lạc được với hầu hết với người dân địa phương trước đây mất liên lạc. Đồng chí Thứ trưởng đánh giá cao sự phối hợp của các đơn vị tại hiện trường để khắc phục sự cố và yêu cầu tất cả các đơn vị tham gia cứu hộ, cứu nạn tập trung tìm kiếm 02 công nhân bị mất tích, hỗ trợ kịp thời các hộ dân bị ảnh hưởng; Chủ đầu tư tiếp tục có các biện pháp khắc phục để đảm bảo an toàn cho công trình và hạ du trong mùa mưa lũ.