Theo đó, từ ngày 1/7 đến ngày 30/11 hàng năm, các hồ Hủa Na và Cửa Đạt trên lưu vực sông Mã phải vận hành theo nguyên tắc thứ tự ưu tiên.
Cụ thể, phải đảm bảo an toàn tuyệt đối cho công trình thủy điện Hủa Na, không để mực nước hồ chứa vượt cao trình mực nước lũ kiểm tra với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 1.000 năm. Đồng thời, đảm bảo an toàn tuyệt đối cho công trình hồ chứa Cửa Đạt, không để mực nước hồ chứa vượt cao trình mực nước lũ kiểm tra với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 10.000 năm.
Thứ hai là đảm bảo an toàn chống lũ cho hạ du, mực nước sông Chu tại Xuân Khánh (Thọ Xuân, Thanh Hóa) không vượt quá cao trình 13,71m với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 200 năm. Cuối cùng là đảm bảo hiệu quả cấp nước và phát điện.
Việc vận hành các công trình xả của các hồ chứa phải thực hiện theo đúng quy trình vận hành công trình xả đã được ban hành, nhằm đảm bảo ổn định cho hệ thống công trình đầu mối.
Trong quá trình vận hành công trình nếu phát hiện có nguy cơ xảy ra sự cố công trình đầu mối, đòi hỏi phải điều chỉnh tức thời thì Giám đốc Công ty TNHH MTV sông Chu và Giám đốc Công ty CP Thủy điện Hủa Na có trách nhiệm báo cáo sự cố, đề xuất phương án khắc phục với Bộ Công Thương đối với Hủa Na, UBND tỉnh Thanh Hóa đối với hồ Cửa Đạt, Trung tâm Điều độ Hệ thống điện Quốc gia để xử lý, đồn thời báo cáo Ban chỉ đạo Trung ương về phòng, chống thiên tai, Trưởng ban chỉ huy phòng, chống thiên tai và Tìm kiếm cứu nạn các tỉnh Thanh Hóa và Nghệ An để chỉ đạo công tác phòng, chống lũ cho hạ du.