Tại văn bản số 7892/VPCP ngày 5/10/2012, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn chủ trì, phối hợp với các bộ: Kế hoạch và Đầu tư, Tài chính, Công Thương và UBND các tỉnh: Sơn La, Điện Biên, Lai Châu khẩn trương hoàn thiện hồ sơ điều chỉnh Quy hoạch, gửi Bộ Kế hoạch và Đầu tư thẩm định, trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định.
Theo báo cáo của Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, đến thời điểm khi Nhà máy Thuỷ điện Sơn La chuẩn bị vận hành tổ máy cuối cùng (tổ máy số 6), việc di dân, tái định cư đã cơ bản hoàn thành, đáp ứng tiến độ, hình thành hệ thống hạ tầng kỹ thuật, công trình công cộng khá đồng bộ. Hiện 100% số hộ dân tái định cư chuyển đến nơi ở mới có nhà ở đẹp và khang trang hơn nơi ở cũ, môi trường được cải thiện, phong tục tập quán của các dân tộc được duy trì và phát huy.
Tổng hợp kết quả rà soát cho biết, các tỉnh đã hoàn thành di chuyển 20.340 hộ dân và tổng số tiền bồi thường, hỗ trợ tái định cư là 7.406 tỷ đồng cùng 2.893 dự án hạ tầng liên quan.