Trung tâm Dự báo Khí tượng Thủy văn Trung ương dự báo, mùa khô 2016-2017, tổng lượng dòng chảy sông Mê kông về ĐBSCL sẽ thiếu hụt so trung bình nhiều năm từ 15% đến 30%, tương đương mùa khô năm 2014-2015, cao hơn mùa khô năm 2015-2016. Trong khi đó, có khả năng mùa khô 2016-2017 thuộc năm thủy văn có dòng chảy nhỏ, do đó diễn biến mặn rất phức tạp và gay gắt, xâm nhập sớm và kéo dài, nhưng mức độ ít nghiêm trọng hơn so mùa khô 2015-2016.
Tổng cục Thủy lợi (Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn) cũng nhận định, tuy mùa khô năm 2017 không khốc liệt như năm 2016, nhưng do dòng chảy sông Cửu Long có thể thiếu hụt, dẫn đến hạn hán và xâm nhập mặn đến sớm ngay từ những tháng đầu năm 2017.
Cụ thể, mùa khô 2017, ĐBSCL sẽ gặp nhiều khó khăn về lượng nước phục vụ sản xuất. Đặc biệt các địa phương ven biển như: Sóc Trăng, Bạc Liêu, Cà Mau… sẽ bị xâm nhập mặn sâu vào nội đồng. Vì vậy, các địa phương cần kiểm soát tốt hoạt động cống đập, sử dụng nước ngọt hợp lý cho sản xuất, nuôi trồng thủy sản.